De Amerikaan William Lee (Daniel Craig) zwerft in zijn eentje door de straten en barretjes van Mexico-Stad, op zoek naar (jongere) mannen om de liefde mee te bedrijven. Totdat hij de stille en mysterieuze Eugene Allerton tegen het lijf loopt en totaal ondersteboven raakt van de jongeman... Queer is een surrealistisch en zinderend sprookje over verlangen en (onbeantwoorde) liefde, gebaseerd op het gelijknamige boek van William S. Burroughs.